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    基因組DNA甲基化分析的兩種方法

    時間:2013-4-28閱讀:391
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    基因組DNA甲基化分析的兩種方法
    1. 液相層析及相關方法
    液相層析能夠定量測定基因組整體甲基化水平,其過程是:先將DNA樣品經鹽酸或氫氟酸水解成堿基,水解產物通過色譜柱,將結果與標準品比較,紫外光測定吸收峰值,計算5rrC/(5rrC+5C)的積分面積得出基因組整體的甲基化水平。
    此法相對HPLC,更為簡便、快速、經濟。測定甲基化的敏感性較高。
    2. 甲基化敏感擴增多態性實驗
    甲基化敏感擴增多態性實驗技術被用于檢測雙向型真菌的DNA甲基化,它是在擴增片段長度多態性技術的基礎上建立起來、基本程序是:提取高質量的基因組DNA,分別用EcoRⅠ/HpaⅡ,EcoRⅠ/MspⅠ兩種酶組合對基因組DNA進行雙酶切,并連上相應的限制性內切酶的接頭,然后以接頭序列設計的預擴增引物,進行PCR擴增。擴增產物稀釋后,再加入帶有選擇性堿基的引物,進行第二次PCR擴增,擴增產物變性后在6%的序列膠上進行電泳,zui后采用銀染或同位素放射
    自顯影方法處理序列膠,統計和分析DNA條帶。這種方法在研究動植物基因組甲基化上有廣泛應用。NSAP技術相對其他測定DNA甲基化程度的技術有如下優點:
    ① 不需要知道被測DNA序列信息,在不同生物上具有通用性,可用于DNA序列背景知識未知的生物。
    ② 操作相對簡便,在AFLP技術體系的基礎上無需改進,即可操作。
    ③ 可在全基因組范圍檢測CCGG位點的胞嘧啶甲基化變化。
    MSAPjishu的局限性在于不能完成非CCGG位點的胞嘧啶甲基化。

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