肝素酶II（heparinase II）可降解肝素和硫酸乙酰肝素，是肝素結構研究、臨床診斷和工業質控的有力工具。

肝素酶I（heparinase I）可降解肝素和硫酸乙酰肝素，是肝素結構研究、臨床診斷和工業質控的有力工具。

肝素酶II切斷硫酸乙酰肝素和少量肝素(相對活性約2:1)在葡萄糖胺和糖醛酸(包括葡萄糖醛酸和艾杜糖醛酸)之間的連鍵，產物主要是二糖。

肝素酶I切斷肝素和硫酸乙酰肝素(相對活性約3:1)在葡萄糖胺和O-硫酸艾杜糖醛酸之間的連鍵，產物主要是二糖。此酶也能切斷肝素分子中的抗*III結合五糖位點。

肝素酶III切斷硫酸乙酰肝素在葡萄糖胺和葡萄糖醛酸之間的連鍵，產物主要是二糖。此酶對肝素及低分子肝素無活性。

肝素酶III（heparinase III）可降解乙酰肝素，是肝素結構研究、臨床診斷和工業質控的有力工具。