數據庫中存在的突變可能是實驗處理造成的

VEGT-Delisa試劑盒一項研究指出在DNA樣品中發現的一些序列變異實際上可能是由樣本處理過程中的損傷造成的，來自NEB（New England Biolabs）的研究人員了一種新運算方法評估這些損傷，并建議在樣品制備過程中使用DNA修復酶，用以糾正這個問題。
這一研究成果表示，這種損傷比我們預期的更加普遍，這樣的錯誤很可能會混淆真正的低頻出現的體細胞突變。
我們大家都知道，從保存時間長的舊樣品，或者福爾馬林固定，石蠟包埋的組織中提取的DNA樣品容易發生斷裂和化學修飾，導致產生活體生物中本身并不存在的突變。但是的研究表明，事實上，任何DNA樣本都可能出現這種人為誘變的損傷，比如DNA超聲處理，即利用聲能來攪拌用于擴增和測序的DN段，就有可能誘導引發突變的氧化損傷。
這樣的突變有時只在少數樣品中出現，因此不會造成多大困擾。但是在癌癥生物學中，目前越來越強調亞克隆識別，還有在血漿中檢測自由腫瘤DNA的突變，這兩者在樣品中的比率都很小。
NEB的研究人員Laurence Ettwiller等人設計了一種新的運算方法，計算DNA測序樣本中這種損傷的程度。這一算法的基礎為：超聲處理期間DNA發生的氧化損傷會將鳥嘌呤轉化為8-氧代鳥嘌呤（8-oxoguanine），這在測序過程中會被當作胸腺嘧啶用。
比對兩條互補鏈的測序片段，這些變化了的鳥嘌呤就會被認為是錯配位點，一條鏈讀出胸腺嘧啶，但互補鏈顯示的是胞嘧啶（能與鳥嘌呤配對）。另一方面，自然存在的鳥嘌呤-胸腺嘧啶突變又會出現本身配對的腺嘌呤。因此這一運算方法通過比對*和第二測序結果，評估胸腺嘧啶的錯配程度從而確定損傷的程度。
研究人員利用這種被命名為Global Imbalance Value (GIV，整體不平衡值，生物通譯)的運算方法，檢測了千人基因組和癌癥基因組圖集項目里的數據，結果發現千人基因組數據中41%都出現了指示損傷的不平衡分數，癌癥基因組圖集項目更是高達73%。
對此研究人員建議在制備過程中將DNA修復酶混合物加入到DNA樣品中，這樣能得到穩定的氧化損傷率。
提出了一個解決方法，利用酶的雞尾酒混合物修復DNA。 但他也指出，文章作者來自NEB，解決問題的辦法是使用NEB修復系統，因此這存在利益沖突。
對此，Ettwiller表示雖然研究組采用的是NEB酶來修復損壞的DNA樣品，但他們并不是說這將適用于所有DNA制備過程。
我們確實在賣這種用于修復測序上游DNA的酶混合物，不過我們并不為其打包票，我們還將繼續進行評估。