生物物理所開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺

　　【儀表網 儀表研發】單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的科學突破。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境，將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。
 

　　11月12日，《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在線發表了中國科學院生物物理研究所高通量測序中心題目為SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes 的論文，發布個單細胞空間轉錄組數據庫及數據在線可視化平臺。SpatialDB系統收錄了來自5個物種由8種空間轉錄組技術產生的數據，建立了空間轉錄組數據分析處理流程，實現了空間轉錄組數據的在線可視化，同時提供了空間差異表達基因及其功能富集分析的注釋。
 

　　中科院院士、生物物理所研究員陳潤生以及工程師陳小偉為論文共同通訊作者。生物物理所高通量測序中心工程師范珍為論文作者。該研究獲得中科院關鍵技術人才項目、國家自然科學基金和國家重點研發項目的資助。