產品介紹
細菌基因組測序，可分為細菌基因組de novo測序和細菌基因組重測序兩類。細菌基因組de novo測序，即從頭測序是指不需要任何現有的序列信息就可以對某個細菌物種進行測序，利用生物信息學分析手段對序列進行拼裝，從而獲得該細菌物種的基因組序列。細菌基因組重測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個體進行基因組測序，并以此為基礎進行個體或群體水平的差異性分析。可關注大量的單核苷酸多態性位點（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結構變異（Structure Variation，SV）等變異信息。細菌基因組測序可以預測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制，已取代傳統方法成為研究細菌進化遺傳機制、關鍵功能基因的重要工具。

根據不同的研究目的和需求，細菌基因組測序可具體分為以下產品：
細菌重測序
構建小片段文庫，深度測序，基于已知參考基因組關注基因組變異情況（包括SNP和InDel等），可進行群體研究。
細菌denovo測序
細菌框架圖：構建小片段文庫，采用高深度測序（100X）和初級的基因組從頭組裝策略，可滿足細菌基因組研究的基礎需求。
細菌精細圖：構建大片段和小片段文庫，采用高深度測序（150X）和針對性的基因組從頭組裝策略，是目前細菌基因組研究的主導產品。
細菌完成圖：根據待測菌株具體情況量身定制*策略，構建不同大小片段及類型文庫，綜合利用多種高通量測序技術及組裝技術，終組裝得到一條完整的基因組序列（1 Contig，0 gap），是細菌基因組測序從頭組裝的zui高標準。
流程圖

結果示例

案例分析
案例：耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）全基因組測序揭示其傳播機制及系統發育
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發醫院內感染的致病菌，本研究對泰國東北部一家醫院分離出的79株菌進行了全基因組測序，繪制了該菌的系統發育樹，并發現了多個不同進化支，據此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。
技術參數

產品	測序策略	交付指標	周期
細菌重測序	HiSeq/MiSeq, 500bp文庫	≥100X	40個工作日
細菌框架圖	HiSeq/MiSeq, 500bp文庫	≥100X	35個工作日
細菌精細圖	HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文庫	≥150X (小片段100X, 大片段50X） 1-7M: Scaffold＜25個 7-10M: Scaffold＜45個	45個工作日
細菌完成圖	多測序平臺及多類型文庫	1 Contig, 0gap	75個工作日

樣品要求

樣品類型	檢測方法	總量	濃度	其他要求
DNA	Qubit、AGE	小片段文庫:≥ 1.5μg 大片段文庫:≥20μg PCR-free :≥10μg	小片段文庫: > 50ng/μL 大片段文庫: > 133 ng/μL PCR-free : ≥30 ng/μL	OD260/280= 1.8~2.0

服務流程
1、提交項目課題相關需求和資料。
2、與我們的專業技術團隊討論項目細節。
3、根據討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致，簽訂技術服務合同。
5、開展實驗，按期完成合同規定的內容。
6、結題，提供實驗原始結果和分析結果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優勢
1、適用于單細胞、微量細胞樣品。
2、數據質量高、偏差小、高度均一。
3、高通量，單個樣本可達30-100X的測序深度和數據產出量。
4、*的覆蓋度，能檢測到90%以上的SNP位點信息。
5、檢測靈敏度和準確度高。
6、能夠全面發掘新的和稀有的遺傳變異
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細菌基因組測序

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