1)在離子色譜儀結構方面,離子色譜和液相色譜均有溶劑輸送系統、進樣系統、檢測系統和信號記錄和處理系統,但由于離子色譜和液相色譜所用的流動相不同,檢測方式不同及信號處理的要求不同,在各部件上有一些差別。具體如下:

　　A、離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相,因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料,一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分,而聚四氟乙烯材料作為檢測器,外接管路等,要求系統可以耐酸、耐堿,但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異,耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液,因此多數還是采用金屬泵體,可以耐任何類型的有機溶劑,但對于酸或堿的溶劑,使用易產生腐蝕現象。而隨著液相色譜在生物領域的廣泛應用,金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用,一些在生物方面應用液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥,使離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性。

　　B、前述已經提到離子色譜又分為抑制型和非抑制型,而目前被廣泛應用抑制型離子色譜,采用了抑制器,而普通液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結構上與液相色譜的柱后衍生系統相似,但是抑制型離子色譜*組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器,與液相色譜十分相似,一些非抑制型離子色譜基本上就是采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。

　　C、離子色譜與液相色譜另一差異就是檢測器,一般情況下液相色譜采用紫外-可見光度檢測器;而離子色譜zui通用的是電導檢測器。

　　2)離子色譜與液相色譜另一差異在于分析對象,液相色譜作為分析儀器中zui廣泛使用的一類儀器,在許多領域中被廣泛應用,但一般情況下,采用液相色譜時,要求被測物具有一定光度吸收,因此液相色譜一般可以用于有機化合物的分析。而離子色譜主要利用離子在水溶液中電離產生電導的特點,因此離子色譜主要用于無機離子的分析。當然,離子色譜和液相色譜的應用并不是的,目前離子色譜已經廣泛用于有機化合物的分析,而液相色譜也可以解決大量無機離子的分析,兩種具有互補性。有大量液相色譜無法解決分析難題,可以嘗試用離子色譜的方法解決。

　　從色譜原理上分類,離子色譜是液相色譜的一種,但由于離子色譜與普通液相色譜在結構和分析對象上有一些差異,一般作為均獨立的一個色譜大類。離子色譜與液相色譜的差別主要從兩個方面看,即儀器結構和應用范圍。