離子阱質(zhì)譜是利用高電場使質(zhì)譜進樣端的 毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發(fā)，表面積縮小，表面 電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的 庫侖力與液滴 表面張力達到 雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入 質(zhì)量分析器。離子阱質(zhì)譜從液相中產(chǎn)生離子，一般說來，肽段的混合物經(jīng)過 液相色譜分離后，經(jīng)過 偶聯(lián)的與 在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。 現(xiàn)在已經(jīng)出現(xiàn)了很多離子阱質(zhì)譜與其它 分析儀器聯(lián)用的技術(shù)，如 氣相色譜-離子阱質(zhì)譜聯(lián)用儀（GC-ITMS）、FTR-ITMS聯(lián)用技術(shù)。