無色桿菌屬通用PCR檢測試劑盒實驗原理

無色桿菌屬通用PCR檢測試劑盒說明書

1、 試劑盒簡介

 流行性造血器官壞死病，是由無囊膜胞漿型虹彩病毒科蛙病毒屬的流行性造血器官壞死病毒

（EHNV）所引起的魚類疾病。病魚因肝臟、脾臟、腎臟造血組織和其他組織壞死而導致死亡。易感動物主要為赤鱸、虹鱒等種類，其中，赤鱸對該病毒極為敏感，幼魚和成魚都可受 EHNV 感染。EHNV 屬于虹彩病毒科蛙病毒屬（除新加坡石斑魚虹彩病毒之外）病毒，本公司針對蛙病毒屬的流行性造血器官壞死病毒( epizootic haematopoietic necrosis virus, EHNV)等病毒的主衣殼蛋白( MCP) 基因序列，開發了本試劑盒。應用本試劑盒進行檢測具有快速、靈敏、特異、準確 、安全、操作簡單、應用廣泛等特點及優點。

2、 試劑盒組成

試劑盒組成包括核酸提取試劑和核酸擴增試劑，具體組成參見表 1：

表 1：試劑盒組成（50test/盒）

無色桿菌屬通用PCR檢測試劑盒試劑盒組成成分 體積

核酸提取試劑： 樣品 DNA 提取液 1

樣品 DNA 提取液 2 5ml×1 管

500µl×1 管

核酸擴增試劑： DEPC 水

EHNV 熒光 PCR 反應液

Taq 酶(5U/ul) 陰性對照

EHNV 熒光陽性對照 5ml×1 管

750µl×1 管

40µl×1 管

1ml×1 管

1ml×1 管

*保存條件：樣品 DNA 提取液 1、2 和試劑盒須在-20℃保存。

3、 樣本采集，存放及運輸

樣本采集

采集活的或瀕死的魚的腎或脾等組織，研磨PBS稀釋后提取核酸?；驅⒓毎囵B分離病毒的有CPE 的細胞懸液提取核酸病毒。

存放

研磨后的樣本在 2 ℃—8 ℃條件下保存應不超過 24 h；-70 ℃以下可長期保存，但應避免反復凍融（Z多凍融 3 次）。

運輸

采用冰或泡沫箱加冰密封進行運輸。

4、 檢測步驟

DNA 核酸提取操作方法(在樣本處理區進行)：

取 n 個 1.5ml 滅菌 Eppendorf 管，其中 n 為待檢樣品數、一管陽性對照和一管陰性對照之和， 對每個管進行編號標記。

每管加入 100 µl DNA 提取液 1，然后分別加入待測樣本、陰性對照和陽性對照(陽性對照吸取前充分混勻)各 100µl，一份樣本換用一個吸頭；混勻器上震蕩混勻 5 s,于 4℃～25℃條件下， 12 000 r/min 離心 10 min。

盡可能吸棄上清且不碰沉淀，再加入 10µl DNA 提取液 2，混勻器上震蕩混勻 5s,于 4℃～25℃ 條件下，2 000 r/min 離心 10 s。

100℃ 干浴或沸水浴 10 min；加入 90µl DEPC 水，12 000 r/min 離心 10 min，吸取上清， 即為提取的 DNA，冰上保存待用（提取的 DNA 需在 2 h 內進行 PCR 擴增或放置于-70℃冰箱內保存）。

熒光 PCR 檢測

無色桿菌屬通用PCR檢測試劑盒擴增試劑準備（在反應混合物配制區進行）：

從試劑盒中取出熒光 PCR 反應液、Taq 酶，2000×g 離心 5 秒鐘。每個樣品測試反應體系配制見下表 2。

表 2 每個樣品測試反應體系配制表

試劑 熒光 PCR 反應液 Taq 酶 合計

用量 14.5 μL 0.5μL 15μL

加樣（樣本處理區進行）：

向每個PCR 管中各分裝15μL 的混合液，再分別加入樣本DNA 模板10μL，蓋緊管蓋，500 r/min

離心 30 s。

熒光 PCR 檢測（在檢測區進行）： 循環條件設置：

一階段，94 oC /4 min；

第二階段，95oC/15 s，60 oC/60 s； 40個循環；在每次循環的60 oC退火延伸時收集熒光。試驗檢測結束后，根據收集的熒光曲線和Ct值判定結果。

5、 結果判定

結果分析條件設定

直接讀取檢測結果。閾值設定原則根據儀器噪聲情況進行調整，以閾值線剛好超過正常陰性樣品擴增曲線的Z點為準。

質控標準

5.2.1陰性對照無Ct值或無擴增曲線。

5.2.2陽性對照的Ct值應<28.0，并出現典型的擴增曲線。否則，此次實驗視為無效。

結果描述及判定

5.3.1陰性

無色桿菌屬通用PCR檢測試劑盒無Ct值或無擴增曲線，示樣品中無EHNV核酸。

5.3.2陽性

Ct值≤30，且出現典型的擴增曲線，示樣品中存在EHNV核酸。為進一步確診是EHNV，建議用普通PCR進行確認或測序。

5.4 有效原則

Ct>30的樣本建議重做。重做結果無數值者為陰性，否則為陽性。

6、相關技術信息

MCP-153F: 5’-TCACCAAGCTGCCGTCTCT-3’ MCP-215R:5’-AAAACTGCTGCCCGAAAGC-3’

MCP-175T: (FAM)5’-CGCCAAGATGTCGGGCAACCC-3’(TAM