真空冷凍干燥機工作原理是在真空低溫環境下把物體的含水分凍結成固體，而后使其中的水分從固態升華成氣態，從而得到干燥、綠色環保的凍干物。真空冷凍干燥機的真空冷凍干燥就是把含有大量水分物質，預先進行降溫凍結成固體，然后在一定真空條件下使水蒸汽直接從固體中升華出來。物質本身存留在凍結時的冰架中，干燥后體積不變，疏松多孔冰在升華時要吸收熱量，引起產品本身溫度下降而減慢升華速度，為了增加升華速度，縮短干燥時間，對產品進行適當加熱。整個干燥過程是在較低溫度下進行的。
　　真空冷凍干燥機開關機的操作：
　　真空冷凍干燥機開機操作：
　　1.接通電源線，此時察看總電源指示燈是否閃爍，閃爍說明電源已接通。
　　2.按下“總電源”開關鍵三秒，此時“冷阱溫度”顯示窗開始顯示冷阱溫度，放開此鍵。
　　3.按下“制冷機”開關鍵，制冷機開始運轉，冷阱溫度逐漸降低。為使冷阱具有充分吸附水份的能力，預冷時間應不少于30分鐘。
　　4.按下“真空計”開關鍵，此時真空數碼顯示為“110”，“103”指示燈亮。
　　5.預冷結束后，將已準備好的待干燥物品置于干燥盤中，罩上有機玻璃筒，將充氣閥和放水閥(位于右側板上)順時針方向擰緊。
　　6.按下“真空泵”開關鍵，真空泵開始工作，數碼顯示下降直至20Pa以下，冷凍干燥進程開始。注：在真空泵開始工作時，用力下壓有機玻璃罩片刻，有利于密封。
　　7.多歧管型首先應將橡膠閥關閉(將閥芯長把向上)，待真空度達到20Pa以下時將預凍結束的凍干瓶插入橡膠閥下接口，將塑料閥芯向下旋轉180度。注意：此時真空計示數會有回升，應在真空度達到20Pa以下時，再裝下一瓶。
　　真空冷凍干燥機關機操作：
　　1.首先慢慢(一定要慢，否則真空泵里的油會倒吸)打開“充氣閥”，同時按下“真空泵”電源開關鍵，使空氣緩慢進入冷阱。如需充入惰性氣體，則將惰性氣體的減壓導管連接“充氣口”，然后慢慢打開“充氣閥”，使惰性氣體緩慢進入冷阱。
　　2.依次按下“真空表”，“制冷機”開關，關閉，此時指示燈滅，“總電源”開關鍵，同開機時按下三秒無顯示后放開此鍵。
　　3.提起有機玻璃罩，將物品取出，保存，冷凍干燥過程結束。
　　4.冷阱中的冰化成水后，打開“放水閥”將水排出。
　　5.清理冷阱內的水份和雜質，妥善保養設備。
　　6.真空泵不用時，應蓋上出水嘴，以防臟物進入
　　7.多歧管型，應逐個關閉橡膠閥并取下凍干瓶后再重復關機操作。
　　注意事項：操作過程中切勿頻繁開關，如因操作失誤造成制冷機停止運轉，不能立即啟動，至少等20分鐘后方可再次啟動，以免損壞制冷機。每次冷凍干燥后，冷阱盤管上的冰化成水后，用毛巾清除干凈凍干結束旋開“充氣閥”向冷阱充氣時，一定要慢，以免沖壞真空計。
　　真空冷凍干燥機技術有成本高的缺點。由于它需要真空和低溫條件，所以真空冷凍干燥機要配置一套真空系統和低溫系統，因而投資費用和運轉費用都比較高。這點在目前中藥真空凍干主要應用于較名貴的藥材上便可窺得。下游中小企業應用該設備時必然要受制于資本承受力。真空冷凍干燥機適用于醫用藥品、化工制藥、美容化妝品、凍干粉針等西林瓶藥物壓塞凍干加工，該系列機型具備擱板加熱和可編程功能，可查看凍干曲線，方便用戶觀察物料的凍干過程。