定位全基因組范圍DNA修復的新方法

    研究人員近日開發出一種全基因組范圍的測序分析，可定位DNA切除修復。這項研究在60億個堿基對中，挑選出一個位點，我們將告訴你它是如何修復的。

    當紫外線（UV）或其他一些物質造成基因組損傷時，此位點的一些DNA片段被切下，隨后與TFIIH蛋白結合。利用與酶結合的抗體，研究人員能夠分離出DNA片段-蛋白質復合物，并將它們拉出細胞，進行測序。然后研究人員能夠將片段定位回基因組中，顯示DNA修復發生在哪個位置。

    據研究人員介紹，對于細胞中兩種類型的UV誘導損傷：環丁烷嘧啶二聚體（CPD）和(6-4)嘧啶-嘧啶酮光產物（(6-4)PPs），XR-seq能夠產生核苷酸分辨率的修復圖譜。他們發現，在野生型細胞中，CPD修復是與轉錄高度相關的，特別是模板鏈。

    研究表明，細胞中不編碼蛋白質的DNA調控區域也被修復。如果它們被修復，那么它們可能是很重要的。如今，我們正在尋找它們在整個基因組中的位置。

    此外，研究人員表示，這種分析也能發現癌細胞中修復DNA損傷的特定機制。他們在文中寫道，XR-seq以及所產生的修復圖譜將有助于研究基因組位置、染色體背景、轉錄和復制對DNA修復的影響。

    這項研究詳細介紹了利用測序方法來檢測DNA中的雙鏈斷裂，包括基因組編輯的核酸酶所產生的。這種被稱為GUIDE-seq的方法利用一種短雙鏈寡核苷酸來標記CRISPR-Cas誘導的脫靶斷裂，測序這些標簽所在的基因組區域，就能夠確定脫靶突變的位置。