當宏基因組遇上單細胞測序

    日前，研究人員通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。

    基因組分析顯示，Kryptonia屬于擬桿菌門。擬桿菌門的成員一般生存在腸道或海洋中，而Kryptonia是其中*嗜熱菌。研究人員指出，Kryptonia可能是通過水平基因轉移從古生菌獲得這種能力的。16s rRNA檢測無法發現這種細菌，這是因為在通用引物的結合處發生了刪除事件。研究人員通過宏基因組測序和單細胞測序證實了這種細菌的存在，并將其命名為Kryptonia。

    研究人員zui初是在對來自世界各地的四千多個樣本進行重新分析。他們在其中發現，有四個樣本含有新16s rRNA基因。隨后，他們通過四核苷酸頻率確定這幾個分離物有著相似的DNA圖譜，并且重建了Kryptonia的基因組。

    根據Kryptonia序列在宏基因組數據中的豐度，研究人員認為可以分離到單個Kryptonia細胞。于是他們進行了高通量的單細胞流式分選，果然得到了十幾個Kryptonia細胞，證明了這種新細菌的存在。

    研究人員在Kryptonia基因組中鑒定了與移動能力有關的鞭毛基因和趨化蛋白。他們還發現Kryptonia缺乏合成絕大多數氨基酸的基因，特別是合成*的關鍵基因，而這是一個相當古老的通路。研究人員推測Kryptonia可能有一個合成這些氨基酸的“小伙伴"。

    研究顯示，Kryptonia基因組5%的序列不匹配任何已知序列。這里面也許含有可供人們使用的基因，“Taq聚合酶就是來自于溫泉，它為PCR技術奠定了基礎，"研究人員說。