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用于ELISA測定的臨床標本zui為常用的是血清(漿)，有時因為特定的檢測目的，也用到唾液、腦脊液、尿液、糞便等標本。目前使用血清(漿)標本測定的標志物一般有傳染性病原體的抗原和抗體、腫瘤標志物、激素、特種蛋白、細胞因子和治療藥物等。
對用于激素和治療藥物測定的血清標本的收集，要注意收集時間甚或體位有可能會對測定結果產生影響。如可的松在早晨4：00—6：00之間，會有一峰值出現；生長激素、促黃體激素(LH)和促卵泡激素(FSH)均以陣發性方式釋放，因此，在測定此類激素時，有必要在密切相連的時間間隔內采取數份血樣本，以其中間值為測定值。
又如當從臥位變為站立位時，血清中腎素活性將出現明顯增高。再如治療藥物的檢測，應根據藥代動力學選擇服藥后的zui適時間抽血檢測。用于傳染性病原體的抗原和抗體、腫瘤標志物和特種蛋白等的檢測的血清標本的收集則沒有時間和體位方面的影響。
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