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鼠疫菌有一個已知的進化祖先——假結核耶爾森菌。假結核耶爾森菌在進化到鼠疫菌ELISA試劑盒的過程中獲得了兩個質粒，這兩個質粒賦予了鼠疫菌新的致病特性，同時還導致了很多基因方面的變化。
研究該從何入手是關鍵。在此之前，國外已測定了兩株對人高致病的鼠疫菌的序列。因此我們在研究時首先想到的是我國內蒙地區對人致病性低的鼠疫菌。我們通過全基因ELISA試劑盒組測序找到與致病基因相關的片段，開啟了鼠疫菌的基因組研究。
測序之后為了進一步了解更多的菌株信息，我們做了一張全基因組芯片，開展了基因組學對比的研究，同時還研究導致基因多態性的重組序列和SNPs等片段的變化。后來我們跟美國的GCBI合作對中國四種遺傳病的四種菌進行檢測，做了鼠疫菌全基因組SNPs掃描分析，并做了鼠疫菌之間關聯性的分析。
09年二代測序興起后，我們對中國200多株鼠疫菌進行測序。隨著基因測序的價格越來越低，后來我們幾乎對全國所有的鼠疫菌都進行了測序，目的是研究鼠疫菌進化背后的動力，不光是探討其之間的親緣關系。因此我們將全國不同疫源地鼠疫菌的進化與不同地區的地土植被、歷*氣溫、氣候降雨霜降等做了關聯分析。
通過鼠疫菌SNPs分析，我們用基因組的方法摸清了歷*鼠疫傳播的規律。第三次鼠疫大爆發在中國從香港通過貿易傳播出去，通過哪條船傳播到哪些地區等這些途徑都由SNPs勾勒出來。zui后我們確定第二次大流行跟絲綢思路有關系，而*次大流行跟鄭和下西洋有關。
無論是過去還是現在，傳染病的大流行都和人類密切相關。只是現在的傳播速度比以前快，過去靠駱駝和船只將鼠疫病毒帶到非洲。因此我們用基因組學ELISA試劑盒的方法勾勒出了鼠疫傳染的規律。從這些傳播路徑來看，中國不光是四大文明發源地，還可能是鼠疫的發源地。
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