Nature Methods：檢測單個轉錄本的新方法

瑞典烏普薩拉大學的研究人員近日開發出一種新方法，來原位檢測單個mRNA分子中的基因突變。這種方法能協助鑒定腫瘤細胞中的變異，目前已發表在《Nature  Methods》雜志上。

在集合了多個細胞的群體分析中，稀有細胞中的分子有可能逃脫檢測。而且，這些分析不能就檢測到的分子究竟來自哪些細胞提供信息。單細胞中mRNA分子的表達可能與細胞群所檢測到的平均表達差異極大。因此單細胞研究是研究表達的轉錄本中序列差異所必需的。熒光原位雜交（FISH）一直用于原位檢測單個mRNA分子，但它無法分辨非常相似的序列，因此無法用于等位基因失活和剪接變體等研究。

作為PCR和雜交方法的替代，鎖式探針（padlock  probe）多年來一直用于分析核酸。這些高選擇性的探針通過靶點依賴的連接轉變成環狀分子。隨后用滾環擴增（RCA）原位擴增環化的鎖式探針，提供單細胞水平上靶分子定位的信息。RNA分子也能作為鎖式探針連接的模板，但RNA的原位檢測要比DNA檢測要困難得多。

于是，烏普薩拉大學遺傳學和病理學系的Mats  Nilsson等首先將mRNA轉變成cDNA分子，再用鎖式探針和RCA檢測，從而實現了轉錄本的原位檢測（圖1）。根據研究人員的分析，這種方法能夠鑒定出多個基因中的單個突變。這對混合了正常細胞和癌細胞的腫瘤分析來說特別重要。

研究人員相信這種方法對于多種疾病的診斷檢測的開發，也是一個重大突破。研究人員能夠在包含了多種類型的組織樣本中研究基因變異體的影響。Nilsson等還打算進一步改善這種方法，以鑒定多個分子，并分析生物銀行材料。（生物通  薄荷）