上海百蕊生物：什么是第二代測(cè)序技術(shù)（NGS）

何為NGS?它面臨著哪些問(wèn)題?

NGS已經(jīng)成為一個(gè)研究平臺(tái)，雖然在科學(xué)和技術(shù)領(lǐng)域迅速獲得認(rèn)可，但就管理和實(shí)踐層面，仍面臨著許多障礙要跨越，包括相關(guān)規(guī)定，臨床方針(ASCO NCCN等)方面的合并，報(bào)銷(xiāo)，以及醫(yī)生和病人對(duì)它的認(rèn)知問(wèn)題。

因此，如果個(gè)性化腫瘤學(xué)的潛力被意識(shí)到，NGS技術(shù)被診所*接受，利益相關(guān)團(tuán)體就必須建立一個(gè)共同承諾，zui近在山景城舉行的個(gè)性化醫(yī)療世界會(huì)議上，部分發(fā)言人提出了此觀點(diǎn)。

發(fā)言人之一John Leite是Illumina公司腫瘤市場(chǎng)開(kāi)發(fā)和產(chǎn)品管理副總裁。Leite博士強(qiáng)調(diào)：需要同所有腫瘤團(tuán)體的利益相關(guān)者達(dá)成一些共識(shí)，如什么樣的產(chǎn)品zui符合市場(chǎng)需求，開(kāi)發(fā)這些臨床應(yīng)用產(chǎn)品所需的資料支持，以及醫(yī)生和病人的訴求等等。這些利益相關(guān)者包括監(jiān)管機(jī)構(gòu)，宣傳組，購(gòu)買(mǎi)者和科學(xué)家。

“對(duì)許多利益相關(guān)者而言，要他們采用NGS的解決方案，就需要臨床數(shù)據(jù)來(lái)證明這些方案的價(jià)值，" Leite博士補(bǔ)充說(shuō)。 “如果要評(píng)估病人治療結(jié)果的改變，臨床試驗(yàn)將是*的臨床數(shù)據(jù)的生成機(jī)制。"

何為液體活檢?為何要選擇液體活檢?

Mark Erlander博士說(shuō)：“一個(gè)成長(zhǎng)中的腫瘤會(huì)不斷釋放壞死的細(xì)胞，噴灑它的基因物質(zhì)，它們會(huì)進(jìn)入血液和尿液，因而 我們使用精密癌癥患者監(jiān)控平臺(tái)(PCM)，即利用尿液進(jìn)行非侵入式的癌癥檢測(cè)，監(jiān)測(cè)式的液體活檢。"

“DNA正在極度退化中。中等長(zhǎng)度的DNA在等離子體中約為145 - 150 bp，在尿液中約為75 – 100bp。 即便你擁有DNA樣本序列是支離破碎的也沒(méi)有關(guān)系，只要它還存在，就可以通過(guò)NGS進(jìn)行檢測(cè)。 我們的突變等位基因濃縮技術(shù)可抑制野生型等位基因的放大，從而致使突變序列擴(kuò)增，把絕大多數(shù)的野生型基因變成*的突變序列。"

驅(qū)動(dòng)突變可預(yù)測(cè)患者是否會(huì)對(duì)特定的治療做出反應(yīng)。Erlander博士提到：“我們關(guān)注疾病的第四階段的，因?yàn)檫@階段是分子靶向藥物進(jìn)行大規(guī)模人群實(shí)驗(yàn)，這也是對(duì)病人而言zui可怕的事情。 "變異監(jiān)測(cè)可以確定病人實(shí)際的反應(yīng)。

在在一個(gè)前瞻性雙盲實(shí)驗(yàn)中，PCM從組織細(xì)胞疾病患者身上探測(cè)到了BRAFV600E突變，收集到的數(shù)據(jù)包括測(cè)對(duì)BRAF抑制劑和抗治療突變的反應(yīng)。當(dāng)細(xì)胞組織切片的腫瘤含量低并含有高基質(zhì)污染的時(shí)候，通常檢測(cè)較為困難，此時(shí)液體活檢的潛力也就凸顯出來(lái)了。

為什么ctDNA如此火熱?

Erlander博士認(rèn)為，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)成為長(zhǎng)期研究的熱點(diǎn)有兩個(gè)關(guān)鍵原因：一是ctDNA可以通過(guò)非侵入性測(cè)試被檢測(cè)。 二是癌癥的復(fù)雜多變性，癌癥細(xì)胞會(huì)不斷增殖克隆，但有一個(gè)問(wèn)題，當(dāng)血液尿液提供的掃描影響顯示癌癥患者已經(jīng)開(kāi)始擴(kuò)散的時(shí)候，你會(huì)選擇哪一種活檢?

Erlander博士還表示：“zui近，Illumina公司的解決方案被應(yīng)用于腫瘤學(xué)ctDNA分析領(lǐng)域，十分令人興奮。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，除了可以作為分子標(biāo)志物以外，重復(fù)進(jìn)行ctDNA試驗(yàn)還可以用于檢測(cè)治療效果，闡明耐藥性產(chǎn)生的機(jī)制，確定進(jìn)一步治療方案。循環(huán)腫瘤DNA為診斷試驗(yàn)提供了可靠的材料，從而彌補(bǔ)了組織缺少的不足。ctDNA分析的敏感性和度很高，足以進(jìn)行腫瘤負(fù)荷的監(jiān)測(cè)，包括微小殘留病灶和抵抗性產(chǎn)生機(jī)制的鑒定，監(jiān)測(cè)新生的疾病和新抗治療突變。"

賽默飛世爾腫瘤學(xué)業(yè)務(wù)副總裁、總Mike Nolan表示，他們的公司負(fù)責(zé)分銷(xiāo)Cynvenio Biosystems公司的用于血流中腫瘤標(biāo)志物基因組分析的液態(tài)切片(LiquidBiopsy)。他認(rèn)為賽默飛的Ion Torrent測(cè)序平臺(tái)可補(bǔ)充PGM工作流程，僅用一小管血液便可分析游離DNA和血液循環(huán)腫瘤細(xì)胞，從而為客戶(hù)提供一個(gè)基因組樣品數(shù)據(jù)的解決方案。

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