基于圖像的表型分析方法，如廣泛使用的 Cell Painting分析，使用高內涵成像和多參數輸出來研究細胞中的生物、遺傳和化學擾動。這種日益流行的方法正被應用于從藥物發現項目到基因組篩選研究。
在標準的 Cell Painting 實驗中，各種細胞器和結構 ( 細胞核、細胞質、線粒體、高爾基體、內質網、細胞骨架、胞質 RNA 和核仁 ) 在 5 個成像通道中被采集。這種廣泛的細胞染色能夠以單細胞分辨率對多種形態的擾動進行監測和定量。已發表的 Cell Painting 分析的局限性包括適合的染料可用性狹窄以及成像系統提供足夠的光譜分離能力。具體來說，高爾基體和肌動蛋白是通過同一通道成像的，這就給圖像分析中區分這兩個結構帶來了挑戰。這種限制可能會干擾 hit 的選擇或掩蓋某些化合物的效果，特別是那些具有影響高爾基體 ( 生物合成途徑 ) 或細胞骨架網絡的作用機制 (MOA) 的化合物。

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