基因分型是一種在不同個(gè)體間檢測(cè)他們的DNA 序列以分析遺傳差異的過程。用于基因分型的方法很多,使得研究人員有能力研究人類、微生物和植物中的基因多樣性。 單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 是其中一種最為普遍的遺傳變異類型,包括某個(gè)特定位點(diǎn)的單核苷酸突變。SNP 基因分型已經(jīng)被證實(shí)在識(shí)別許多物種的疾病相關(guān)突變中非常有用,因此也已開發(fā)出很多針對(duì) SNP 檢測(cè)的技術(shù)1。
Kompetitive 等位基因特異性 PCR 因其高準(zhǔn)確性、高性價(jià)比并在分析設(shè)計(jì)方面的高度靈活性而成為一種最為廣泛使用的 SNP 基因分型技術(shù)。KASP使用兩條等位基因特異的正向引物和一條通用反向引物,通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) (PCR) 擴(kuò)增目標(biāo) DNA 序列,與其序列相對(duì)應(yīng)的反應(yīng)產(chǎn)物則被標(biāo)記上熒光染料。如果一個(gè)樣品是純合子,PCR 產(chǎn)物將只會(huì)被 HEX或 FAM 熒光染料標(biāo)記,但如果是雜合體,則會(huì)出現(xiàn)被 HEX 和 FAM 同時(shí)標(biāo)記的產(chǎn)物。未參與標(biāo)記的熒光染料會(huì)被淬滅2,3。KASP 可在微孔板中進(jìn)行操作,并且可使用熒光微孔讀板機(jī)進(jìn)行檢測(cè)。
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