在超純水機的使用中，有以下方面的事情需要注意。
1、精密濾芯
精密濾芯又稱過濾濾芯，分線繞濾芯和PP熔噴濾芯，主要過濾原水中的泥沙等大的顆粒物，其過濾精度有5微米、1微米等。新的濾芯是白色，如果時間長了表面會淤積泥沙等，呈現褐色，這就表示該濾芯不能用了，用自來水沖洗掉表面淤泥后，可以勉強繼續使用1-2周，但不能長期使用。濾芯放在濾瓶里面，有的濾瓶是透明的，可以直觀地觀察濾芯的顏色變化，有些濾瓶是不透明的，需要將其擰開后才能觀察濾芯的變化。從經驗數據統計來看，精密濾芯的壽命一般在3—6月，如原水的泥沙多，則其壽命短些，泥沙等顆粒物少，則壽命稍長一點。
2、活性炭濾芯
活性炭濾芯主要通過吸附作用，去除水中的異味、有機物等。自來水中有余氯，對反滲透膜有很大的氧化作用，所以必須經由活性炭去除。活性炭濾芯從表面上看沒有直觀的變化，根據經驗來看，一般在一年左右就達到飽和吸附，需要更換。
3、反滲透膜
反滲透膜是超純水機中十分重要的部件，其孔徑非常小，所以在使用過程中常常有細菌等微觀物質淤積在其表面，一般各個廠家的純水機都有反沖洗功能，旨在洗掉污染物。用水量在10升/天以內，可以沖洗3-5次，超過10升，則多沖洗幾次。如果長時間（如1個月以上）不用，需要將其取出浸泡在消毒液里，避免細菌的滋生，不過該過程比較麻煩，建議即使不用水，都經常開機用少量的水，讓機器內部的水形成流通，盡量減少死水的沉積時間過長。反滲透膜的壽命在2-3年，主要由客戶的用水量來決定，所以用戶在選購的時候一定要選擇所匹配的規格。
4、純化柱
純化柱根據客戶的水質需求有時也叫超純化柱，自作用是對反滲透純水進行深度脫鹽，最終達到一級水或超純水水平。其原理是離子交換。純化柱的壽命由電阻率在線來表現。低于某個特定的電阻即表示純化柱過期，比較直觀。其壽命除了抗客戶的用水量以外，尤其重要的是各個廠家在生產設計時的離子交換樹脂的填充量和離子交換樹脂的本身質量。
5、用水
以自來水為水源的超純水機一般都有兩個出水口，分別是三級水和一級水，經反滲透出來的水是三級水，存放在水箱里，而一級水是即用即取，不存放。三級水沒有通過純化柱，一級水通過了純化柱，一級水的成本高于三級水。所以客戶在日常應用的時候，應根據水質需求分質取水，能用三級水時盡量不用一級水，避免使用成本的上升。
