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PCR出現非特異性擴增：
PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶與非特異性擴增帶。
（1） 引物與靶序列不*互補或引物聚合形成二聚體。
（2） Mg2+離子濃度過高。
（3） 退火溫度過低。
（4） PCR循環次數 過多有關。
（5） 酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增。
其對策有：必要時重新設計引 物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量，適當增加模板量，減少循環次 數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。
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